A diferencia de Mutant: Year Zero, que tiene una estructura muy abierta, la campaña de Mutant: Genlab Alpha tiene un guión mucho más detallado. Vuestro objetivo es sobrevivir a la opresión de los vigilantes y liderar a las nueve tribus hasta la libertad, de una manera o de otra. Pero hay muchas maneras de conseguir vuestro objetivo y muchas cosas que hacer durante vuestro viaje.
El sueño de ser libres ha ganado fuerza entre los animales de Valle Paraíso. El resquemor crece en varias de las tribus y en la oscuridad se urden planes de rebelión y huida. En otras tribus que se benefician de la situación actual, la mayoría quiere mantener el statu quo y evitar un enfrentamiento con los vigilantes. La campaña Huida del paraíso da por hecho que vuestros PJ son parte del grupo de animales que anhelan la libertad. En esta campaña, no solo interpretaréis a vuestros PJ, sino que también controlaréis toda la estrategia de la Resistencia. Esto se llevará a cabo a través de las operaciones y los turnos estratégicos.
Los hogares de las tribus se llaman hábitats, lugares donde habéis vivido durante generaciones. Algunos de los hábitats son instalaciones construidas por los humanos durante la Edad Antigua para alojaros, otras son residencias humanas abandonadas que habéis ocupado. Los hábitats de las tribus se describen en el libro, con detalles para la DJ en que los jugadores no deberían leer.
Los hábitats siempre están en peligro. Todo Valle Paraíso es el laboratorio de los vigilantes, y los hábitats son sus tubos de ensayo. Algunas veces vuestros hábitats sufren ataques de peligrosos monstruos y otras experimentan letales fenómenos meteorológicos que violan las leyes de la naturaleza. Vuestro hábitat es vuestro hogar y, cuando es amenazado, debéis defenderlo.
Habéis vivido en Valle Paraíso durante generaciones, pero aún hay áreas desconocidas. Es como si una mano invisible reformara constantemente la naturaleza. Bajo el suelo yace el mítico Laberinto, una red de túneles y salas oscuros donde podéis encontrar fantásticos artefactos pero también hallar vuestra perdición a mano de trampas mortales. Quizás haya una forma de salir del valle o de llegar a la morada de los vigilantes.
Valle Paraíso está lleno de presas y plantas comestibles, pero la comida no es fácil de conseguir. A veces debéis luchar para alimentaros y alimentar a los demás miembros de vuestra tribu. A veces debéis también luchar contra animales de otras tribus para alimentar a la vuestra. El hambre y la sed nunca están muy lejos en Mutant: Genlab Alpha.
Cada tribu tiene un líder, un alfa. Cuando el alfa de vuestra tribu es fuerte y sabio, todos lo seguís y lo defendéis con vuestra vida. Pero si el alfa flaquea y muestra debilidad o indecisión, alguien le disputará el liderazgo. La lucha por el liderazgo puede ser muy sangrienta, y nadie puede mantenerse al margen. Puede que tengáis que elegir un bando, el del alfa o el del contendiente, ¿o quizás sois vosotros los que queréis liderar la tribu?
